Standardowy, 5-letni termin przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku rozliczenia straty jest liczony z uwzględnieniem terminu płatności zobowiązania podatkowego, które pomniejszono o stratę z przeszłości.
Zgodnie z art. 70 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2012 poz 749 ze zmianami), zobowiązanie podatkowe co do zasady przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku, w którym podatek był należny (pomijając kwestie przerwania lub wstrzymania biegu terminu przedawnienia). Okazuje się jednak, że zasada ta dotyczy wyłącznie zobowiązań, a więc sytuacji, kiedy w danym roku podatnik wykazał dochód. Jeśli natomiast podatnik poniósł stratę, którą rozlicza w kolejnych okresach (ma na to kolejnych 5 lat), strata przedawni się dopiero wraz z momentem przedawnienia zobowiązania podatkowego, w którym ją rozliczono.
Na tej interpretacji art. 70 Ordynacji podatkowej oparł się NSA w wyroku z 27 sierpnia 2010 (sygn. akt II FSK 583/09), w którym jednoznacznie stwierdził, że strata poniesiona przez podatnika w danym roku podatkowym, nie jest elementem konstrukcyjnym zobowiązania podatkowego za dany rok, bowiem zobowiązanie takie powstaje tylko w razie wystąpienia dochodu. Tym samym, skoro strata może wpływać na wysokość podatku w następnych pięciu latach podatkowych przez to, że podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia w tym okresie dochodu o wysokość straty, w art. 24 ust. 1 o.p. ustawodawca przewidział uprawnienie organu podatkowego do określenia w drodze decyzji wysokości straty poniesionej przez podatnika, jeżeli wysokość straty różni się od wysokości wynikającej ze złożonej deklaracji, a poniesienie straty, zgodnie z przepisami prawa podatkowego, uprawniało do skorzystania z ulg podatkowych.
Cytowane orzeczenie doprowadziło do oszacowania spółce (producent wyrobów mlecznych) dodatkowego dochodu w transakcjach z podmiotami powiązanymi dokonywanych w 2001 r., w wyniku których spółka odnotowała stratę (poza wskazanym orzeczeniem, w sprawie zapadły jeszcze wyroki WSA w Białymstoku z 11 stycznia 2011, sygn. akt I SA/ Bk 628/10 oraz NSA z 5 grudnia 2012, sygn. akt II FSK 813/11, ostatecznie uznające stanowisko organów za prawidłowe). W podobny sposób wypowiedział się także m.in. NSA w wyroku z 3 września 2013, sygn. akt II FSK 2208/12 oraz WSA w Gliwicach w wyroku z 16 października 2013 (sygn. akt I SA/Gl 292/13).